一、修复治理的方案编报科学性不足
    矿山生态环境修复治理是国家主导。目前，废弃矿山中的一些方案修复内容不清晰，对于矿区土地、山林类型、范围及权属、耕地质量和被破坏的程度等没有准确的背景信息。因此，环境修复目标设定与绩效指标设置不科学，影响施工进程和工程质量。在修复治理方案中，对生态修复理念认识不足，缺乏整体观念。有些单位在方案编制中人为的扩大工程内容，而后将矿山生态环境修复治理的专用资金挪作他用。还有一些生产建设矿山的方案编制不严谨，相关审查不严格。一些矿山企业为了获取采矿许可证而编制方案，对于实际应用于生态环境保护的措施不得力。方案通过后，并没有认真按照生态环境保护的条款去落实，将本该用于生态环境保护的资金作为生产投入。
    二、修复治理的资金来源比较狭窄
    计划经济时代，我国的矿山建设根本就没有设置生态环境保护专用资金，历史遗留问题很多，现在面临重大的修复治理困难。在矿山生态环境修复治理中，也没有建立专门的矿山生态环境修复治理的融资渠道，大多依赖于政府投入。但是地方政府配套资金不可能面面俱到，使环境修复治理项目不全，施工进展缓慢，甚至工程质量较差，导致修复治理后利用率低，被恢复后的良田和其他资源无人利用，造成财政资金和土地资源的双重浪费。
    由于财政资金投入引导力不足，社会资本投入的积极性不高，一些修复治理项目只能以繁就简，修复后的生态价值不能得以体现。另外，在矿山生态环境修复治理过程中，还存在资金使用不规范的问题。根据2019年修改的《土地复垦条例实施办法》和《矿山地质环境保护规定》，其中强调，对于矿山生态环境修复治理的方案编报要具实、客观、合理，要将矿山土地复垦费纳入基金统筹使用和管理，但很多地方制定的基金管理办法，将土地复垦经费剥离在基金管理和使用范围之外。也就是在实际管理中，矿区土地复垦资金与矿山生态环境修复治理专项基金各行其是，两项分割，必然造成资金用途的局限性，使矿山生态环境修复治理效果大打折扣。
    三、修复治理的操作科学化程度不高
    很明显，矿山生态环境修复治理的针对性，一是对废弃矿山进行生态环境修复，促进环境资源再生；二是对现有生产建设矿山加强矿山土地复垦，实现地质资源保护，防止和避免地质灾害。但是，由于我国对矿山生态环境修复治理起步较晚，相关理论和经验都不充分，大多数人对矿山生态环境修复治理的认识不高，相关政策法规也并不健全，多部门协调机制缺失，最终导致从上世纪90年代就已开始的矿山生态修复治理至今没有达到根本目的。在矿山生态修复治理上虽然投入了大量的人力、物力和财力，但很多项目只是治标而没有治本。修复治理效果不符合“皆林则林、皆田则田、皆草则草、皆园则园”的生态环境修复理念。特别是现在正在运营中的生产建设矿山，对国家绿色发展理念认识不足，一味强调经济效益，忽视矿山开采过程中对地质灾害的防护措施。在对废弃矿山的修复治理中没有结合当地的生态环境和自然条件进行针对性的复垦、修复和治理。

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